Religionsgemeinschaften können auf unterschiedliche Weise organisiert sein. Rechtlich gesehen wird in der Schweiz zwischen öffentlich-rechtlichen Körperschaften und privatrechtlich organisierten Gemeinschaften unterschieden. Gerade im privatrechtlichen Bereich ist das Spektrum der Organisationsstrukturen allerdings gross, denn dieser umfasst sowohl Vereine und Stiftungen, als auch lose und informell organisierte Gruppen. Ebenfalls weiterhin privatrechtlich organisiert sind die Gemeinschaften, denen im Kanton Basel-Stadt die «kleine Anerkennung» zugesprochen wurde.
In der Schweiz ist die Beziehung des Staates zu den Religionsgemeinschaften hauptsächlich auf kantonaler Ebene geregelt. Deshalb gibt es kantonale Unterschiede bezüglich der rechtlichen Strukturen von Religionsgemeinschaften, zum Beispiel sind in den meisten Kantonen die traditionellen christlichen Kirchen öffentlich-rechtlich anerkannt – mit Ausnahme von Genf und Neuenburg, in denen die Kirchen als privat-rechtliche Vereine organisiert sind. Ein weiteres Beispiel ist die Israelitische Gemeinde, die in bestimmten Kantonen ebenfalls öffentlich-rechtlich anerkannt ist, nämlich in Basel-Stadt, Bern, Freiburg, St. Gallen und Waadt.
Im Kanton Basel-Stadt haben die Evangelisch-reformierte, die Römisch-Katholische und die Christkatholische Kirche sowie die Israelitische Gemeinde Basel den Status von öffentlich-rechtlichen Körperschaften. Im Kanton Basel-Landschaft sind die Evangelisch-reformierte, die Römisch-katholische und die Christkatholische Kirche als Landeskirchen anerkannt und somit haben auch sie diesen Status.
Auch mit einer öffentlich-rechtlichen Anerkennung von Religionsgemeinschaften bleiben diese vom Staat weitgehend autonom. Die Übertragung des staatlichen Rechts an die Gemeinschaften bringt jedoch spezifische Rechte und Pflichten mit sich.
In Basel-Stadt und Basel-Landschaft haben die öffentlich-rechtlichen Religionsgemeinschaften die Möglichkeit, mit Hilfe des Staates von ihren Mitgliedern Kirchensteuern zu erheben. Eine Mitgliedschaft entsteht durch die Geburt aufgrund einer Mitgliedschaft der Eltern oder eines Elternteils. Bei der Israelitischen Gemeinde muss die Mutter jüdisch sein, um die Mitgliedschaft an Kinder weitergeben zu können. Ein Beitritt ist grundsätzlich möglich und ein Austritt erfolgt schriftlich.
Religionsgemeinschaften, die als öffentlich-rechtliche Körperschaften anerkannt sind, werden zu demokratischen Strukturen verpflichtet und müssen sich durch Mehrheitsbeschluss eine Verfassung geben, die durch den Regierungsrat genehmigt werden muss. Zudem stehen ihre Finanzen unter Oberaufsicht des Regierungsrats.
Zwangsläufig ist ein Verein nach ZGB eine der häufigsten Rechtsformen von Religionsgemeinschaften. Sie ist nötig, um ein Post- oder Bankkonto zu eröffnen, das auf den Namen der Gemeinschaft und nicht auf eine Person lautet. Manche der Vereine bestehen nur aus dem Vorstand und haben keine andere Funktion als die Verwaltung des Geldes. So sagt die Zahl der Vereinsmitglieder in vielen Fällen wenig aus über die Zahl der Menschen, die einer Gemeinschaft angehören. Auch Dachverbände können die rechtliche Form von Vereinen haben. Im Gegensatz zu öffentlich-rechtlichen Körperschaften sind privatrechtlich organisierte Gemeinschaften nicht zur Erhebung von Kirchensteuern befähigt, sondern lediglich zu vereinsüblichen Mitgliederbeiträgen.
Wenige Gemeinschaften sind als Stiftung konstituiert. Einer der Gründe gegen die Einrichtung von Stiftungen dürfte sein, dass diese schwerfällig sind. Meist geht es um Hausbesitz, wenn diese Rechtsform gewählt wird, so zum Beispiel bei der Communauté de Grandchamp, bei der Islamischen König Faysal Stiftung oder dem Diakonissenhaus Riehen. Einzelne Gemeinschaften ohne Hausbesitz sind Stiftungen wie die Chalice. Stiftung Chalice, die Siddha Yoga Stiftung Schweiz oder die Stiftung zur Verbreitung der Gralsbotschaft.
Etliche Religionsgemeinschaften haben nur informelle Strukturen. Das heisst, es gibt keine eigentliche Mitgliedschaft und keine offizielle Leitung. Dazu gehören christliche Freikirchen und viele islamische, buddhistische und hinduistische Vereinigungen.
Im Unterschied zu einer Staatskirche ist eine Freikirche völlig vom Staat unabhängig. Ausserdem beruht eine Mitgliedschaft in einer Freikirche meistens auf einer persönlichen Glaubensentscheidung – einem persönlichen Bekenntnis – und so geht einem Beitritt oft die Erwachsenen- bzw. die Gläubigentaufe voraus. Aus diesem Grund sind Passivmitgliedschaften bei Freikirchen auch eher Ausnahmen. Eine spezielle Situation besteht für Kirchen, die in unserer Region Minderheitskirchen sind, wie zum Beispiel die Anglican Church oder die Evangelisch-Lutherische Kirche. Sie sind der Organisationsform nach gezwungenermassen Freikirchen, praktizieren allerdings auch die Kindertaufe.
Einzelne Gemeinschaften entwickelten sich im Verlauf der Zeit von einer evangelikalen Gemeinschaft innerhalb der Evangelisch-reformierten Kirche zur Freikirche, ein Beispiel dafür ist die Alban-Arbeit.
Gemäss § 133 der Verfassung des Kantons Basel-Stadt ist eine kantonale Anerkennung von Kirchen und Religionsgemeinschaften möglich. Diese «Kleine Anerkennung» gibt den Religionsgemeinschaften aber keine besonderen Rechte, sondern ist eher von symbolischer Natur. Sie behalten den gleichen zivilrechtlichen Status, sind also meistens als Vereine organisiert.
Im Kanton Basel-Stadt haben die Christengemeinschaft (2010), die Alevitische Gemeinde Regio Basel (2012), die Neuapostolische Kirche Basel (2012) und die Evangelisch-lutherische Kirche (2021) die kantonale Anerkennung erhalten.
Im Kanton Basel-Landschaft existiert die Möglichkeit einer kantonalen Anerkennung von Religionsgemeinschaften ebenfalls. Bis heute wurde sie allerdings noch nie vergeben.
